为加强中国政府对清洁发展机制项目活动的有效管理，维护中国的权益，保证清洁发展机制项目的有序进行，国家发展和改革委员会、科技部和外交部等共同制定发布了《清洁发展机制项目运行管理暂行办法》，并自2004年6月30日起施行。《暂行办法》明确规定了清洁发展机制项目的许可条件、管理和实施机构及其职能、项目的申请、审批、实施和监督核查程序。该办法明确国家发展和改革委员会为中国参与清洁发展机制的国家主管机构，并代表中国出具清洁发展机制项目批准书。并明确指出在中国开展清洁发展机制项目的重点领域是以提高能源效率、开发利用新能源和可再生能源及回收利用甲烷和煤层气为主。
    1．许可条件
    (1)开展清洁发展机制项目应符合中国的法律法规和可持续发展战略、政策，以及国民经济和社会发展规划的总体要求。
    (2)实施清洁发展机制合作项目必须符合《公约》、《议定书》和有关缔约方会议的议定。
    (3)实施清洁发展机制项目不能使中国承担《公约》和《议定书》规定之外的任何新的义务。
    (4)发达国家缔约方用于清洁发展机制项目的资金，应额外于现有的官方发展援助资金和其在《公约》下承担的资金义务。
    (5)清洁发展机制项目活动应促进有益于环境的技术转让。
    (6)中国境内的中资、中资控股企业可以对外开展清洁发展机制项目。
    (7)实施清洁发展机制项目的企业必须提交清洁发展机制项目设计文件、企业资质状况证明文件及工程概况和筹资情况相关说明。
    2．清洁发展机制项目申请审批程序
    (1)在中国境内申请实施清洁发展机制项目的中资和中资控股企业、以及国外合作方应当向国家发展和改革委员会提出申请，有关部门和地方政府可以组织企业提出申请，并提交规定的项目文件；
    (2)国家发展和改革委员会委托有关机构，对申请项目组织专家评审，时间不超过三十日；
    (3)国家发展和改革委员会将专家审评合格的项目提交项目审核理事会审核;
    (4)对项目审核理事会审核通过的项目，由国家发展和改革委员会会同科学技术部和外交部办理批准手续；
    (5)从项目受理之日起，国家发展和改革委员会在二十日之内(不含专家评审的时间)做出是否予以批准的决定。二十日内不能做出决定的，经本行政机关负责人批准，可以延长十日，并将延长期限的理由告知申请人;
    (6)实施机构邀请经营实体(0E)对项目设计文件进行独立评估，并将评估合格的项目报清洁发展机制执行理事会(EB)登记注册;
    (7)实施机构在接到清洁发展机制执行理事会批准通知后，应在十日内向国家发展和改革委员会报告执行理事会的批准状况。
    具体工程建设项目的审批程序和审批权限，按国家有关规定办理。
    3．清洁发展机制项目主要审核内容
    (1)参与资格;
    (2)设计文件;
    (3)确定基准线的方法学问题和温室气体减排量;
    (4)可转让温室气体减排量的价格;
    (5)资金和技术转让条件;
    (6)预计转让的计入期限;
    (7)监测计划;
    (8)预计促进可持续发展的效果。